Научно-методический совет (НМС) существует с момента реорганизации Соловецкого историко-архитектурного музея-заповедника (СИАМЗ) в Соловецкий государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник (СГИАПМЗ) в декабре 1974 г. В его функции входит анализ и оценка научных и научно-методических материалов, разработанных сотрудниками музея (концепций, тематических и тематико-экспозиционных планов экспозиций и выставок, отчетов об экспедициях и командировках, научных статей, сборников, монографий, каталогов, проектов реставрации памятников архитектуры, концепций и планов развития музея и т.д.).
Ежегодно собирается от 10 до 20 заседаний НМС, на которых рассматривается от 30 до 60 материалов и вопросов.
Председателями НМС в разное время были: Т.М. Кольцова (1975-1979 гг.), А.Я. Мартынов (1980-1989, 1991-2000 гг., 2010-настоящее время), С.Г. Рубцов (2001-2010).
