Тематический и видовой состав фондов Соловецкого музея-заповедника обширен и определяется, прежде всего, профилем музея. Здесь сосредоточены материалы, позволяющие раскрыть как историю Соловецкого монастыря с его многочисленными вотчинами, так и историю Соловков «домонастырского» и «послемонастырского» периодов.
Комплектование фондов ведётся по следующим основным темам: первобытная и средневековая (домонастырская) археология Соловецких островов (V тыс. до н.э. – XV в.); история Соловецкого монастыря XV – XX вв.; история Соловецких лагерей и тюрьмы особого назначения (1920–1939 гг.); история Учебного отряда и Соловецкой школы юнг Северного флота (1941–1945 гг.); история Соловецкого музея-заповедника и реставрации памятников Соловецких островов; современная история Соловков.
Музейное собрание содержит свыше 100 000 единиц хранения основного и научно-вспомогательного фондов.
Из предметов музейного фонда сформировано 18 коллекций, объединённых по особенностям материала, технике или тематической общности: Археология; Графика; Дерево; Драгоценные материалы; Естественно-научный фонд; Живопись (иконы, картины); Керамика (в т.ч. стекло, фарфор, фаянс); Меднолитая пластика; Металл; Нумизматика (в т.ч. бонистика, фалеристика); Оружие; Письменные источники (документы, книги); Планы, схемы, чертежи; Плиты надгробные; Прочее (печатная продукция: открытки, плакаты, газеты и пр.); Разное (предметы из материалов, не входящих в основные коллекции – пластмасса, оргстекло, жемчуг, слюда, перламутр и др.); Текстиль (в т.ч. предметы из кожи, меха и рога); Фотоматериалы.
