В 2001 году в структуре Соловецкого музея-заповедника создано музейно-образовательное подразделение – Образовательный центр «Соловецкие острова». Авторы проекта: Михаил Васильевич Лопаткин и Людмила Васильевна Шилова. Цели работы нового отдела заключались в создании и реализации широкого спектра образовательных услуг для местного, регионального, национального и международного сообщества, основанных на изучении и интерпретации историко-культурного и природного наследия Соловецких островов.
Для воплощения в жизнь поставленных задач по работе с детскими и молодёжными группами был сформирован штат сотрудников и создана материальная база, которая стала основой для деятельности. Образовательный центр «Соловецкие острова» размещается в помещении «Петербургской гостиницы» и включает в себя общежитие для специализированных групп студентов и школьников, конференц-зал, выставочный зал, комнату для питания.
Со временем были определены основные направления и формы работы. Образовательный центр реализует свои задачи через взаимодействие с другими образовательными учреждениями (школами и высшими учебными заведениями), через сотрудничество с организациями сферы культуры, науки и природопользования (музеями, библиотеками, национальными парками). Основные формы работы отвечают принципам интерактивности, доступности и научности. В летнее время это, в основном, студенческие и школьные специализированные практики, экскурсии, пленэры, творческие мастерские. В течение всего года музейно-образовательный процесс реализуется через интерактивные занятия, мастер-классы, лекции, квесты и конкурсы.
В настоящее время в работе отдела можно выделить несколько основных образовательных программ, которые адресованы посетителям разных возрастов, как внешнему, так и внутреннему (островному) сообществу: Летняя культурно-экологическая школа, Соловецкое посольство, Летний университет, Пленэрный центр, Волонтёрское агентство, Программы Школы ремёсел, Летняя Соловецкая школа юнг.