Экспедиции по исследованию историко-культурного наследия Соловков и прилегающих территорий – важное направление в научной деятельности Соловецкого музея-заповедника.
Историко-этнографические экспедиции
За период с 1968 по 1989 гг., а также в 1992-1993 гг. музеем организованы 85 историко-этнографических экспедиций на территориях, исторически связанных с Соловецким монастырем. Обследовано 10 районов Архангельской области (120 населённых пунктов), 3 района Республики Карелия (23 населённых пункта, более 60 островов Онежского залива), и 2 района Мурманской области (8 населённых пунктов). С 2001 г. на Соловках и западном побережье (Карелия) осуществляется обследование исторических мест, связанных с Соловецкими лагерями и тюрьмой 1920-1939 гг.
Археологические экспедиции
В 1967-1980 гг. Архангельским государственным педагогическим институтом им. М.В. Ломоносова и Архангельским областным краеведческим музеем при участии СИАМЗ – СГИАПМЗ на Соловках проведено 12 археологических экспедиций (А.А. Куратов, Архангельская археологическая экспедиция).
В 1979-2017 гг. Соловецким музеем-заповедником (в том числе, совместно с ПГУ-САФУ им. М.В. Ломоносова, Мурманским педагогическим университетом, Карельским, Устьянским и Вельским музеями) организовано более 50 археологических экспедиций по исследованию первобытных и средневековых (до XV в.) памятников на территории Соловецкого архипелага (35 экспедиций), других островов Белого моря, в Прибеломорье и южных районах Архангельской области (А.Я. Мартынов, Соловецкая «первобытная» археологическая экспедиция). В результате работы археологов на данных территориях открыто и в той или иной степени исследовано более 200 памятников и объектов первобытной и средневековой археологии (около 100 – на Соловках). Раскопано более 3000 кв. м. культурного слоя памятников. В фонды Соловецкого музея-заповедника сдано более 38000 предметов древности, собраны вещественные источники, позволившие реконструировать историю освоения Соловецких островов с начала V тысячелетия до н.э. до середины XV в.
В 1996-2016 гг. музеем-заповедником (в том числе, совместно с Институтом археологии РАН, САФУ им. М.В, Ломоносова и Спасо-Преображенским монастырем) организованы более 40 археологических экспедиций для исследования памятников монастырской и «лагерной» археологии.
Средневековой археологической экспедицией музея-заповедника при участии Института археологии РАН (с 1996 г., начальник – В.А. Буров) раскопано 3000 кв. м культурного слоя внутри десятков памятников, на территории Соловецкого монастыря и за его пределами, сделан ряд важных открытий, в фонды музея сдано более 9000 индивидуальных находок (рис. 15-16). На основе архивных и археологических исследований В.А. Буровым написаны, а музеем опубликованы две фундаментальные монографии, а также более 60 научных статей и сообщений.
Совместной археологической экспедицией САФУ им. М.В. Ломоносова и Соловецкого музея-заповедника (с 2006 г., руководители: А.Е. Зарайченко, М.В. Шульгина) частично раскопан ряд монастырских объектов разных столетий. Раскопки широкими площадями осуществлены на территории пос. Соловецкий (историческая часть) и Филипповской пустыни на Б. Соловецком острове, Свято-Троицкого и Голгофо-Распятского скитов Анзерского острова. В фонды музея поступило 1300 предметов XVI – первой половины XX в.
Экспедицией ИА РАН (начальник – М.Е. Ворожейкина) стационарно исследованы остатки монастырского причала (раскоп 560 кв. м), монастырской ГЭС, кладбищенской ограды. Несколько раскопов было заложено в Благовещенском и Настоятельском корпусах, многочисленные шурфы и траншеи – на территории крепости, исторической части поселка Соловецкий, Свято-Сергиевского скита на о. Большая Муксалма и в других местах.